Merge では、ファイルにテキストを直接入力して編集することができます。いずれかのファイルをクリックし選択してから、キーボードを使って必要な編集を行います。
Cmd+C キーを使用するとテキストをファイルからクリップボードにコピーし、Cmd+V キーを使用すると他方のファイルにペーストします。また、テキストのブロックを選択して Merge 内の別のファイル ペインや、ほかの多数のアプリケーションにドラッグ アンド ドロップすることができます。選択したテキストを目的の場所に移動する場合は Cmd キーを押したまま目的の場所にドロップし、コピーする場合はどのキーも押さないでドロップします。
ファイルに変更を加えた場合、Merge は常に最新の比較結果が表示されるように、バックグラウンドで比較を行います。
修正箇所インジケータ
ファイルが修正された場合は、そのファイル ペインの右上にインジケータ アイコン 変更済み 
が表示されます。
編集マーカーおよびブックマーク
ファイルを編集すると、Merge は自動的に変更した行を示すために編集マーカー 
を作成します。編集箇所間を移動するには 前の編集マーカー 
と 次の編集マーカー 
ツールバー ボタンをクリックします。また、編集▸マーカー▸前の編集マーカー と 編集▸マーカー▸次の編集マーカー メニュー項目を選択するか、Shift+F3 と F3 キーを押すことにより移動が行えます。
現在行のブックマークをオンまたはオフに切り替えるには ブックマーク 
ツールバー ボタンをクリックし、ブックマークの切り替えを選択します。また、編集▸ブックマーク▸ブックマークの切り替え メニュー項目を選択するか、Cmd+F2 キーを押すことにより切り替えることができます。
ブックマークを移動するには ブックマーク ツールバー ボタンをクリックして、次のブックマーク または 前のブックマークを選択します。また、編集▸ブックマーク▸次のブックマーク と 編集▸ブックマーク▸前のブックマーク メニュー項目を選択するか、F2 または Shift+F2 キーを押すことにより移動が行えます。
コメントは編集マーカーとブックマークの両方に追加することができ、重要な情報の注釈を付けたり、質問を記録することができます。マーカーまたはブックマークのコメントを編集するには、ブックマークを右クリックしてコメントの編集…メニュー項目を選択します。コメントは、マウス ポインターをマーカーまたはブックマーク上に置くとツール ヒントとして表示されます。
ブックマークおよびコメントは、比較をアーカイブまたはチームでの合同作業のために保存する際に一緒に含められます。またブックマーク コメントは HTML 比較レポートでも見られます。このため、比較の中に質問を入力したり注釈を付けておき、それを後で電子メールで送信してほかのチーム メンバーが校閲できるようにする有用なツールとなります。
変更を元に戻す
編集中に行った変更の取り消したり、あるいはやり直す場合は 元に戻す 
または やり直し 
ツールバー ボタンをクリックします。また、編集▸取り消す と 編集▸やり直す メニュー項目を選択するか、Cmd+Z または Shift+Cmd+Z キーを押して変更を元に戻すことができます。
読み取り専用 ファイル
ディスクでファイルの属性（アクセス権）が読み出しのみの場合、そのファイル ペインの右上に 読み取り専用 
アイコンが表示されます。
デフォルトでは、ディスクで読み取り専用に設定されているファイルを Merge で編集することはできません。読み出しのみのファイルを編集しようとした場合、Merge はこれを無効にするかどうかを尋ねます。
ファイルのマージ
上に述べた編集機能に加え、ファイルの変更を別のファイルに簡単にマージするためのツールがいくつか用意されています。詳細については、ファイルのマージを参照してください。