Merge のフォルダー比較ウィンドウでは、対象のファイルの各行に対してテキスト、イメージ、またはバイナリ比較を起動することで、1 つのファイルの異なるバージョン内における変更箇所を確認およびマージすることができます。
ファイルへの変更を表示するには、まず対象のファイルを結果リスト内で選択します。次に、リボンの 比較を実行 
ボタンをクリックします。ファイル比較ウィンドウが開くので、各バージョンのファイル内の変更箇所を確認および調整することができます。
複数のファイル比較を開く
フォルダー比較結果リストで複数の行を選択してから 比較を実行 ボタンをクリックすれば、複数のファイル比較ウィンドウを同時に開くことができます。フォルダー比較ウィンドウで Ctrl または Shift キーを押したままファイルをクリックすれば、複数の行を選択できます。
複数行選択した行のうち、1 行に 1 つのファイルしか含まれていない行がある場合には、行ごとに個別の比較が実行されるのではなく、それらのファイルが 1 つの比較に統合されます。この動作により、名前が変更されたファイル同士を比較することができます（任意のファイルを対象にファイル比較を実行する方法については、次のセクションを参照してください）。
また、リボンの 行選択 
メニューにある 変更箇所を選択 コマンドを使って、変更されているファイルをすべて選択してから、比較を実行 ボタンをクリックすることもできます。
任意のファイルを対象にファイル比較を実行する
フォルダー比較内の 2 つまたは 3 つの任意のファイルを対象に、ファイル比較を実行できます。
- 比較対象の 1 番目のファイルについては、そのファイルを右クリックしてコンテキスト メニューから エクスプローラー▸比較キューに追加 を選択します。
- 3 つのファイルを比較する場合（Professional Edition でのみ可能）、比較対象の 2 番目のファイルについては前の手順を繰り返します。
- このようにしてファイルを比較キューに追加し、比較対象の最後のファイルを右クリックします。
- 最後に選択した比較対象ファイルのコンテキスト メニューの エクスプローラー サブメニューから、比較キューに追加したファイルの数（1 つまたは 2 つ）に応じて、Araxis Merge で比較 (+ キュー内 1) または Araxis Merge で比較 (+ キュー内 2) のいずれかを選択します。
- キューに追加されたファイルと最後に選択したファイルを比較する比較が開きます。
エクスプローラー サブメニューに、Araxis Merge で比較 項目と 比較キューに追加 項目が表示されない場合は、アプリケーション ページで ファイル エクスプローラーのメニューに [Araxis Merge で比較] を含める オプションが有効になっていることを確認してください。
開いているファイル比較ウィンドウの数を制限する
開いているファイル比較ウィンドウは、それぞれが一定のシステム リソースを使用します。リソースを使い果たさないために、フォルダー比較ウィンドウが開くファイル比較ウィンドウの数について制限を設定することができます。この制限は起動オプション ページのコントロールで調整することができます。
一般的な処理の流れは以下のとおりです。
- 行選択 メニューから変更箇所を選択コマンドを選択して、1 番目と 2 番目のフォルダー階層間で変更されているすべてのファイルを選択します。
- 比較を実行 をクリックして、選択した各ファイルのファイル比較ウィンドウを開きます。ファイル比較ウィンドウが開いたファイルの選択は解除されます。
- 開いた各ファイル比較ウィンドウの内容を検証および（または）編集します。処理が終わったら、ファイル比較ウィンドウを閉じます。
- すべてのファイル比較ウィンドウでの処理が完了したら、フォルダー比較ウィンドウに戻ります。
- 比較を実行 を再度クリックします。リスト内でまだ選択されているファイルがある場合は、次にそれらのファイル比較ウィンドウが開きます。
選択されているファイルがなくなるまで、上記の処理を繰り返してください。
ファイルの編集後にフォルダー比較を更新する
ファイルに対する変更が終わった後にフォルダー比較を更新するには、そのファイルを選択してから、リボンの選択範囲を再比較 
ボタンをクリックします。変更が加えられたファイルのフォルダー比較結果が更新されます。