Merge では、2 つのフォルダー階層間の内容の同期を取る（マージする）ことができます。ファイル比較の起動ができるだけでなく、各フォルダー階層間でファイルおよびフォルダーをコピーしたり削除することができます。
ファイルおよびフォルダーのコピー
あるフォルダー階層から別のフォルダー階層へファイルおよびフォルダーをコピーする場合は、まず対象のファイルおよびフォルダーを選択します。次に、選択ファイルのコピー 
リボン メニューでコマンドの 1 つを選択します。
ファイルのコピーダイアログが現れ、コピーされるファイルとそのコピー先が示されます。
コピー元列には、選択したすべてのファイルとフォルダーが表示されます。コピー先列には、これらのファイルとフォルダーがどこにコピーされるのかが表示されます。
このウィンドウ上部にあるコピー先のパス入力フィールドの値を変更すれば、別のコピー先を指定することができます（比較しているフォルダー階層間では必ずしも必要ではありません）。コピー先を指定すると、コピー先列が、これを反映させた内容に更新されます。
フォルダー比較の場所とファイルの場所の相対的な関係は、階層間でのコピーを実行しても保持されます。たとえば、c:\documents と d:\documents を比較している場合、最初のフォルダー階層にある reports フォルダーの report.doc ファイルは、もう一方のフォルダー階層の reports というフォルダーにコピーされます。
ファイルの削除
フォルダー比較ウィンドウでファイルを削除する場合は、削除対象のファイル/フォルダーを選択してから Delete キーを押してください。また、リボンの選択項目を削除 
コマンドを使用することもできます。
削除したファイル/フォルダーは Windows の［ごみ箱］から元に戻すことができます。
バージョンが異なるファイル間の変更の解決
単に最新のインスタンスを他方のフォルダーへコピーするのではなく、あるファイルの異なるバージョン間の変更をマージする方法についてはファイル比較の起動を参照してください。
複数ファイルでの作業
各フォルダーの完全な同期を取るために、複数のファイルおよびフォルダーへ異なる内容をコピーしなければならないこともあります。複数のファイルを選択するさまざまな方法については、フォルダー比較を参照してください。
一般的な処理の流れ
2 つのフォルダー階層にまったく同じ最新の内容が格納されるようにするためのフォルダー同期の通常の流れは下記のとおりです。
- 最初のフォルダーで、変更されている新しいすべてのファイルを選択し、もう一方のフォルダーへコピーします。
- 2 番目のフォルダーで、変更されている新しいすべてのファイルを選択し、もう一方のフォルダー（最初のフォルダー）へコピーします。
- 最初のフォルダーで、削除されたというマークが付けられているすべてのファイルを確認し、コピーの必要がなくなったファイルを削除してから残りのファイルを 2 番目のフォルダーへコピーします。
- 2 番目のフォルダーで、追加されたというマークが付けられているすべてのファイルを確認し、コピーの必要がなくなったファイルを削除してから残りのファイルを最初のフォルダーへコピーします。